การติดเชื้อของปลาในระบบปิด มีสาเหตุมาจากหลายปัจจัย หนึ่งในนั้นคือ การนำปลาตัวใหม่เข้ามาในระบบซึ่งเป็นปัญหาใหญ่ปัญหาหนึ่ง ปลาตัวใหม่อาจจะกลายเป็นภาหะนำโรคและปรสิตได้ เนื่องจากพวกที่อยู่เดิมอาจจะไม่มีภูมิต้านทาน ฉะนั้นการกักปลาใหม่ไว้เพื่อป้องกันการแพร่เชื้อนั้นสามารถแก้ปัญหานี้ได้ในระดับหนึ่งและการกักปลานั้นยังทำให้คุณดูว่ามันจะอยู่ร่วมกันได้ไหมอีกด้วย แต่ถึงแม้เราจะทำการกักโรค แต่ปัญหาต่างๆก็อาจเกิดขึ้นได้ เหมือนสิ่งไม่คาดฝันที่เกิดได้เสมอ